文献学习 I PAGE研究显示产前WES在胎儿结构异常诊断中的有效性

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基因组和外显子的产前评估(Prenatal Assessment of Genomes and Exomes Consortium, PAGE)项目组报道了第一个大规模胎儿结构异常前瞻性队列研究,来自英国Wellcome Sanger研究所,剑桥大学,大奥蒙德街医院等34个胎儿医学中心,通过对610名胎儿及其父母进行全外显子组测序分析(染色体非整倍体和大片段CNVs除外),对近10%的异常妊娠病例进行了明确诊断,结果显示全外显子组测序在诊断产前超声检查中出现明显结构异常胎儿病例的有效性。


背景

超声检测到的胎儿结构异常有很多与遗传因素相关,包括染色体非整倍体,拷贝数改变CNVs和与发育基因相关的致病变异等。胎儿结构异常常规通过非整倍体和CNVs检测查找原因,全基因组范围内测序结果在产前检测应用中的信息尚非常有限。该研究旨在通过全外显子组测序对评估和鉴定胎儿结构异常中与发育障碍相关的变异。

 

方法

在这项前瞻性队列研究中,伯明翰和伦敦的两个小组从英格兰和苏格兰34个胎儿医学中心招募患者。使用全外显子组测序(WES)评估发育障碍相关变异。排除非整倍体和大片段拷贝数变异CNVs后,采集结构异常胎儿及父母亲样本。孕11周后超声检测发现胎儿NT或结构异常并接受侵入性产前诊断的孕妇将纳入本次研究,其伴侣也通过知情同意参加。使用包含1628个基因的发育障碍基因Panel对测序结果进行解释,与胎儿结构异常表型相关的遗传结果经过验证并报告。对所有胎儿进行评估的主要终点是检测到与胎儿发育异常相关的基因变异。

 

结果

队列研究招募时间为2014年10月22日至2017年6月29日,临床数据收集截止2018年3月31日。排除非整倍体和CNVs后,610例结构异常胎儿和1202份双亲样本(596例胎儿-父母三人家系,包括两对双胞胎和14例胎儿-父母二人家系)进行了全外显子组测序。结合等位基因频率,蛋白质功能,遗传模式等使用生物信息软件进行过滤和排序后, 由多学科临床评审小组评估,对321个遗传变异(255个潜在诊断)进行进一步研究。610例结构异常胎儿病例中,52例(8.5%;95% CI 6.4–11.0)发现了诊断性遗传变异,另外24例(3.9%)包含可能致病性变异。这些变异的检测使我们能够区分综合征型和非综合征型胎儿异常(例如,仅先天性心脏疾病 vs 先天性心脏疾病合并学习障碍)。143例多系统异常(即不止一个胎儿结构异常)中22例(15.4%)发现了致病性变异,81例心脏异常中9例(11.1%)发现了致病性变异,65例骨骼异常中10例(15.4%)发现了致病性变异;这些表型与变异密切相关。然而,孕早期单独NT增厚(≥4∙0 mm)病例中发现的变异较少,93例中有3例(3.2%)。

 

解释

WES辅助胎儿结构异常的基因诊断,从而实现对胎儿预后更准确的预测和对未来妊娠复发风险的评估。相比之前表型信息较少的小规模研究,本前瞻性队列研究对广泛胎儿结构异常的基因变异的整体诊断率较低。WES提高了胎儿结构异常的遗传变异检出与鉴定。但是在临床应用之前还是应该认真思考适用于哪些病例以最大限度地辅助临床。

 

  



背景介绍


约3%的孕妇在常规产前超声检查中会出现胎儿结构异常,从单一轻微缺陷到致命的多系统异常,严重程度不等。遗传调查对这些病例的评估非常重要。30多年来,传统的细胞遗传学分析是第一线分析方法,在过去的10年里,CMA被越来越多地用于检测产前亚显微致病性CNVs。CMA使染色体异常的诊断频率提高了3~5%,逐渐取代了传统的细胞遗传学检测。胎儿结构异常与多种遗传变异包括非整倍体,单亲二体、CNVs和基因内突变。人们对使用全基因组测序分析产前先天性心脏疾病的兴趣与日俱增, 产前WGS之前已有描述,产前WES和靶向基因组检测因为成本更低,所需胎儿DNA较少,更快的报告时间,更深的测序深度,关注度也日益提高。我们之前对29例胎结构异常病例进行三人核心家系WES分析,在10%的病例中找到了遗传原因[2,3]。在对一系列胎儿结构异常病例分析中,队列调查数据显示WES在超过50%的胎儿发育障碍中发现了变异,但大多数研究纳入的样本量较小(30例或更少),或者是经过高度选择的样本(例如,尸检样本)抑或两者兼有(附录)。

 

为了确定全基因组测序在胎儿结构异常产前诊断中的可行性,我们组织了大规模PAGE研究项目。旨在对610例结构异常胎儿和父母亲样本的WES结果进行分析,完善产前WES应用于临床涉及的伦理及相关问题。


方法

研究方案和参与者

在这项前瞻性队列研究中,伯明翰和伦敦的两个小组从英格兰和苏格兰34个胎儿医学中心招募患者。这些中心中任何一次常规超声发现胎儿结构异常,父母选择侵入性检查时即纳入PAGE研究。

 

孕11周后超声检测发现胎儿NT或结构异常并接受侵入性产前诊断的孕妇将纳入本次研究,其伴侣也通过知情同意参加。如果检测到染色体非整倍体导致结构异常则被排除;如果父母一方或双方年龄小于16岁则被排除;如果父母亲一方或者双方没有或无法提供知情同意书则被排除。所有参与者都签订知情同意书,研究单位获得了各参与机构研发办公室和伦理委员会的批准。

 

研究路线

两个协调中心确认后,采集父母亲外周血后提取DNA,收集绒毛膜、羊水,常规检查后剩余胎儿血液样本提取取胎儿DNA。在这些中心中对这些DNA进行非整倍体和CNVs评估。如果检测结果显示非整倍体或CNVs可以解释胎儿结构异常表型,那么胎儿及父母样本在随后的分析中被排除。如果未被排除,胎儿及父母样本DNA会送到Wellcome Sanger研究所进行WES(附录)。经知情同意,怀孕期间只有与超声检测胎儿结构异常相关的PAGE分析结果会告知父母,而其他结果将不会告知。为了确保一定数量的胎儿表型,各中心同意,包含任意表型的胎儿病例比例将控制在当前总病例数的20%左右。

 

WES后我们在可能与发育障碍相关的候选基因列表中评估致病性变异(附录),我们选择罕见的,与蛋白质功能相关的,符合临床遗传模式的变异(生物信息过滤)。候选致病性变异由临床评审小组(Clinical Review Panel,CRP)进行比较评估。本研究的测序数据和可能与发育障碍相关的基因和变异可以通过欧洲基因组表型档案获取。

 

候选致病性变异由临床评审小组CRP进行审查和分类,CRP包括至少6名成员(1名临床遗传学家、1名胎儿医学专家、2名临床科学家和1名生物信息学家)。最初CRP会议采用面对面的形式,随后采用视频或电话会议。


本研究所有样本采用Congenica 软件进行分析、筛选、注释和解读


基于英国国家卫生服务实验室标准(临床遗传科学协会ACGS基于ACMG指南制定),临床评审小组就变异分类(致病,可能致病,意义不明,可能良性,良性)及其导致胎儿结构异常表型的可能性形成一致意见。明确与胎儿表型相关的发育障碍相关基因变异为致病变异或可能致病变异,CRP统称为诊断性遗传变异。CRP也分析了超声影像胎儿结构异常与基因变异之间的关系(即无、不确定、部分或完全)。根据伦理要求,相关临床医生仅仅告知胎儿父母亲与胎儿结构异常相关的致病或可能致病变异(部分或全部)。

 

研究中有一个致病性变异RIT1因其父母亲无无发育障碍表型,在生物信息学筛选时被排除,所以CRP未对其进行审查。随后对其他已知发育障碍相关致病变异进行再分析(ClinVar数据库的变异数据库和人群健康数据库)时,又发现了两个相似胎儿病例,携带PTPN11遗传性致病变异,伴有积水或NT增厚。使用Sanger测序对所有发现的诊断性遗传变异进行确认和报告后提供至相关临床医生。良性和可能良性变异不进行验证或报告,对于意义不明变异VUS,CRP则进行进一步验证以判断是否有临床意义。CRP包括核心团队和非固定参与者,以保持一致性减少并注释过程中可能出现的偏差。

 

终点事件

对所有胎儿进行评估的主要终点是检测到导致胎儿发育异常的诊断性遗传变异。我们还对具有特定结构异常胎儿中的遗传变异频率进行了评估。

 

统计分析

分析相关基因功能丧失机制的可能性并进行注释,并与Mann-Whitney U检验进行比较。表型分类中诊断性遗传变异的数量与Fisher's精确检验进行比较,多重检验Bonferroni校正用p.R软件包进行。所有统计分使用R(版本3.1.3)完成。

 

经费支持

研究资助方未参与研究设计、数据收集、数据分析、数据解释及报告撰写。通讯作者授权获取所有研究数据,并对提交数据负有全部责任。

 

结果

队列研究招募时间从2014年10月22日至2017年6月29日,临床数据收集时间截至2018年3月31日。为了估计合格病例中排除的病例数比例,对564例符合条件的胎儿(即结构异常胎儿)首先进行了回顾性分析,发现134例(23.8%)样本由于定量荧光PCR(n=97)或CMA(n=37)异常而未送检WES。

 

610例符合WES检测条件的胎儿病例(257例女性, 353例男性)根据超声影响异常表型分为11种类别(附录)。这些表型异常从脊柱异常(n=10)到复杂或多系统异常(即检测到两个或更多胎儿结构异常; n=143;附录)。610例胎儿和其1202例匹配父母样本(596例胎儿-父母三人家系,包括两对双胞胎和14例胎儿-父母二人家系)被纳入队列。对WES数据进行分析并经CRP审查,共找到321个基因变异(代表255例潜在诊断)。每个胎儿潜在诊断平均数为0.42(SD 0.676),包括三人家系分析(n=596)的平均数为0.40(SD 0·636),二人家系分析的平均数(n=14)的平均值为1.36(SD 1.393)。三人家系和二人家系的表型无显著差异。

 

CRP对184个发育障碍相关基因变异进行了评估,平均每例胎儿1个异常基因。部分胎儿病例包含35个基因(FLNA有5例胎儿;HSPG2、RYR1、SYNE1、KMT2D、CHD7、PTPN11分别有4例胎儿;MECP2、COL1A1、HUWE1分别有3例胎儿;ATP13A2、DNAH5、CDH23、COL18A1、COL11A2,LAMA1、MBTPS2、MAMLD1、PKD2、NOTCH1、PROK2、FGFR3、BRCA1、CHRNG、COL6A3、ROBO1、TUBB、PIEZO1、NRAS、HYDIN、ZC4H2、BCOR、PEX7、EPHB4、RIT1分别有2例胎儿;图1)。

 

610例胎儿中474例(78%)有妊娠结局。其中142例(30%)父母选择终止妊娠,14例(3%)流产,22例(5%)死产,14例(3%)新生儿死亡,282例(59%)活产。

 

PAGE研究中伦理问题的详细研究仍在进行中。我们注意到可能的伦理问题包括:有些可能致病变异有遗传性发育障碍复发风险,但与检测到的胎儿结构异常无关;在相关候选基因中发现的VUS;根据伦理要求,这些发现未向父母报告。出生后,需要通过更详细的表型分析或定期检查追踪,但在产前阶段,胎儿表型信息不足,延迟诊断决定并不是一个好的选择。如果胎儿结构异常预后良好如马蹄内翻足,做决定是比较困难的。其他伦理问题,比如,在常染色体隐性遗传疾病相关的发育障碍基因中检测到杂合致病性变异,检测到可能导致晚发型成人疾病的致病性变异(例如,发现某位Fanconi贫血基因变异携带者母亲有罹患乳腺癌的风险),鉴于这些与胎儿异常无关,所以未进行报告。

 

610例接受WES的胎儿病例中,共计205例(33.6%)发现321个基因变异(255例潜在诊断),包括301个单核苷酸变异(SNVs)和Indels,18个CNVs,2个UPD。52例(8.5%,95% CI 6.4–11.0)胎儿发现与胎儿表型结构异常相关的可能致病或致病变异(表1)。52例胎儿中32例(61.5%)为新发突变(15例截短突变,15例错义突变, 1例阅读框内插入,1例41.2 kb缺失);52例胎儿中19例(36.5%)为遗传性突变(14例常染色体隐性遗传,5例显性遗传);52例胎儿中1例(1.9%)胎儿伴有15号染色体单亲二体。

 

我们发现,在伴有新发截短蛋白变异的20例胎儿中有15例(75.0%)诊断性遗传变异(即导致胎儿表型的致病或可能致病变异),在伴有新发错义变异的60胎儿中有15例(25.0%),伴有单基因新发变异的82例胎儿中有31例(37.8%)。相比非诊断性变异,诊断性SNV和Indel与功能丧失相关性更高(诊断性0.81  vs 非诊断性0.24;p=0.0276)。

 

CRP审查过程中有35个基因变异在一个以上胎儿病例中发现,其中6个(17%)基因在一个以上胎儿病例中被评估为诊断性变异(图1),诊断性KMT2DCHD7突变(均为新发截短突变)多个表型异常胎儿中发现(KMT2D:1例胎儿伴有多系统异常,心脏异常和积水;CHD7:2例胎儿伴有多系统异常,1例胎儿伴有心脏异常)。PTPN11变异(全部为错义突变,1例新发,2例遗传)发现于多系统异常、水肿和NT增厚的胎儿中。据我们所知, PAGE队列研究首次鉴定报告了多个产前基因突变(表2;附录)。

 

不同胎儿表型组诊断性遗传变异比例不同(图1;附录)。骨骼异常比例最大10例/65例(15.4%)多系统异常22例/143例(15.4%)心脏异常9例/81(11.1%)。积水胎儿病例诊断性基因变异为3例/33例(9.0%),脊柱异常胎儿病例1例/10例(10.0%)。所有其他表型异常组中,诊断性基因变异比例均小于4%。经多次统计学检验校正,多系统异常胎儿病例的遗传变异明显高于所有其他表型的胎儿(p=0.01893)。


分子诊断结果可能与受累妊娠和未来妊娠有关,尚无一种基因变异的诊断有相应的宫内治疗方案。然而,孕期诊断与是否决定终止妊娠相关,例如,在心脏异常的胎儿中,在与心脏异常相关的基因中发现致病或可能致病性变异导致出生后可能伴有心脏异常(如KMT2D、ANKDR11、SOS1、CCDC103、CHD7)及学习障碍。在52个诊断性基因变异中,34个(65.4%)与学习障碍有关。16个(47.1%)无大脑或多系统异常(表1)。孕期诊断可能有助于更好的产后管理(如对伴有脐膨出和CDKN1C突变的胎儿进行新生儿低血糖监测),CoQ10治疗可能有助于辅酶Q9缺乏的儿童。33例诊断阳性病例复发风险较低(占所有评估胎儿的5%;31例伴有新发突变,1例伴有新发CNV,1例伴有UPD),19例遗传性变异复发风险较高(占所有评估胎儿的3%;14例常染色体隐性和5例显性)。


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在52例WES诊断为可能致病或致病变异胎儿中,47例(90.4%)胎儿进行了尸检或产后随访,与分子诊断结果一致。据我们所知,CRP尚未对产后基因诊断复审鉴于与临床相关性较低。有妊娠结果的474例胎儿显示, 192例出生后未存活的胎儿中有27例(14.1%)检测到致病或可能致病变异,包括14例流产中的2例(14%),142例终止妊娠中的20例(14.1%),22例死产中的3例(13.6%),14例新生儿死亡中的2例(14.3%),明显高于282例活产胎儿中的20例(7.1%)(p=0.0181;图2)。

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除了52例WES诊断的胎儿外,还有24例胎儿的基因变异虽然未被分类为诊断性结果,但值得进一步临床和分子研究,被分类为临床相关VUSs(附录)。这些发现包括胎儿小颌畸形、桡骨发育不全、尺骨和腓骨发育不全、胫骨和股骨短小、腰椎异常、RECQL4 基因的复合杂合无义(2269C→T;Gln757Ter)和错义(1580C→G;Thr527Arg)突变。尽管无义突变被认为是致病的,错义突变为VUS。RECQL4 突变与桡骨发育不全和发育不全综合征相关,我们认为需要进一步随访。另一个病例(PP0722),孕早期胎儿伴有6.7mm NT检测到新发错义突变KMT2D 变异。另一个病例(PP1720),伴有轻微侧脑室增宽、无其他脑结构异常胎儿中检测到非常明显的CHD7 新发致病变异。但是很少有研究报道脑积水与CHD7 致病变异相关,因为在没有CHARGE综合征特征的情况下,单独脑室增宽并不能明确地归因于CHD7 变异。这也说明了在产前分析基因型-表型因果关系的困难。52例诊断病例外连同24例潜在临床相关变异,610例胎儿中共计76例(12.5%,95% CI 9.9-15.3)WES提供了临床相关结果。


讨论

在该大型前瞻性队列研究中,我们针对广泛的产前超声检查发现的610例胎儿结构异常病例进行了分析,在52例(8.5%)胎儿中发现了发育障碍相关基因变异, 在另外24例(3.9%)胎儿中,发现并报告了潜在临床相关变异。总体而言,我们在76例(12.5%)胎儿中发现了诊断性或潜在临床相关变异。之前有胎儿结构异常相关研究报告了50%以上的诊断性遗传变异,但大多数以前的研究纳入了少量选择性病例并且诊断性遗传变异的判断标准不太严格。此前最大的一项研究是在84例死亡胎儿中使用WES,诊断性变异比例约20%。较低比例胎儿病例得到了诊断性遗传变异源于研究方法不同,我们前瞻性地招募了所有符合入组标准的病例并在不进行基因复查的情况下进行WES(排除非整倍体和大片段CNVs后),Yates及其同事研究的是终止妊娠或自发流产后病例。我们队列研究中约有60%是活产的(与出生后没有存活的胎儿相比,有诊断性遗传变异的胎儿数量较少),未能存活的胎儿中的诊断性遗传变异则与Yates及其同事的报告接近。我们未经选择的胎儿结构异常病进行全基因组测序,旨在考虑未来将WES用于临床实践时,结构异常病例尤为重要。Wapner及其同事的一份会议摘要中报告了在一系列胎儿结构异常病例中发现了7.5%的致病性变异(另有5.5%的病例存在核型或CMA异常)。

 

尽管采用类似的测序和注释策略,WES检测胎儿结构异常的诊断性遗传变异频率明显低于发育障碍儿童(其中发育障碍基因中的这些基因变异已在多达43%的队列中被报道)。反映了不同研究判断标准不同,出生后队列研究由临床遗传学家评估后选择(因此可能的单基因疾病变异比例较高),而PAGE队列研究包括诸如单独NT增厚、单独足跖和NTD等表现,其中一部分与单基因疾病的关联性较低。此外,产前产后表型的精确度不同也是可能原因之一(例如,出生后形态学异常和发育评估有助于解释变异,使得诊断性遗传变异的比例增加)。

 

我们发现诊断性遗传变异在心脏异常、复杂或多系统异常、骨骼异常,胎儿水肿,脊柱异常中的的频率更高;而在其他类型异常胎儿中发现的变异小于4%。KMT2D 变异是最常见的变异之一,这些变异与多种表型相关,包括多系统异常(PP1843)、单独复杂心脏缺陷(PP1843),胎儿水肿和囊性水瘤(PP1573)。KMT2D 突变导致Kabuki歌舞伎综合征,其特征是出生后发育迟缓、癫痫、心脏异常、泌尿生殖系统和肌肉骨骼异常并有特殊面容。尽管KMT2D 突变与胎儿水肿的表现已有报道,但婴儿期面部异常较大龄儿童并不明显,这使得产后早期诊断也有困难。

 

截止目前,产前WES研究表明许多发育障碍基因与胎儿结构异常有关,有19个基因(包括KMT2D)已在一些研究中被报道(附录)。据我们所知,我们报告了一些首次在产前诊断中发现的突变(表2),包括与单独先天性心脏疾病(NR2F2TAB2 )和综合征型先天性心脏疾病(与原发性睫状体运动障碍相关的CCDC103和与KBG综合征相关的ANKRD11)相关的突变,提示WES可为非心脏预后提供重要的辅助信息。WES也可以深入了解下一胎复发的风险,为未来生育选择提供信息。本研究中有诊断性遗传变异的52例胎儿中有19例(36.5%)复发风险较高。许多由新发突变引起的变异与性腺嵌合体相关,会导致复发风险小幅增加。在遗传变异有复发风险的情况下,父母可能希望在未来妊娠中进行侵入性或非侵入性产前诊断或者寻求胚胎植入前诊断。

 

本研究的一个局限性是该方案无法在怀孕期间提供实时诊断。然而,基于这些信息获得的变异分类、验证和报告等对于后续产前WES用于临床实践时可被获取应用。为了最大限度提高WES分析在一系列胎儿结构异常表型中的作用,我们限制了单独NT增厚的胎儿数量。单独NT增厚病例占整个队列的22%。如果没有该限制,预计将有额外56例胎儿纳入分析,诊断率会提高,总体比例约为8%。为了获得快速高效的变异优先排序,我们选择胎儿-父母三人家系分析,相比单独胎儿样本分析,三人家系分析能够快速识别新发发育障碍基因变异,并确定杂合致病变异是顺式还是反式。要实现最佳变异注释需要多学科合作,详细的临床信息包括产前超声扫描,家族史等应提供至CRP;家族史的重要性可参考家族性MYCN 变异。在确认只能获得有限的父母表型临床信息(不完全外显,或两者兼而有之)情况下,可能导致致病性遗传发育障碍基因变异从数据集中被删除(如Noonan综合征相关变异RIT1 PTPN11),我们建议生物信息分析流程提供针对这一问题的解决方案和策略,例如建立白名单。这样即使父母亲无症状,发育障碍基因中致病性和可能致病性变异也不会从数据集中被删除。为了更大限度地诊断变异,我们分析了1511个与表型有关的发育障碍基因相关变异,以及117个文献报道的与产前表型相关的基因(附录)。这样三分之一的家系分析至少发现一个潜在的诊断结果。将WES应用于临床实践比较大的争议是,制定发育障碍基因型-表型列表(由欧洲生物信息学研究所EBI制定)时去除与胎儿结构异常无关的基因,使用更小的、表型特异的虚拟基因列表,以减少与胎儿结构异常无关的VUS。确定哪些胎儿结构异常病例需要进行WES或WGS时需要仔细考虑。对于与正常或轻微残疾结局相关的非特异性胎儿结构异常(如马蹄内翻足、心室扩大或单独NT小幅增厚),WES诊断率可能很低,解释这些非特异性表型的VUS的临床意义可能是个问题。

 

本研究中所有WES在同一测序中心进行,该机构远离招募病例的临床中心,CRP通过线上会议与所有相关的、地理位置偏远的专家(包括那些将结果传达给父母的专家)讨论病例并达成共识。PAGE结果在妊娠结束后告知了父母亲,我们的经验是还存在一些与临床实践相关的潜在伦理问题。尽管有许多伦理问题(如偶然发现非亲子关系)并非产前WES或WGS分析所独有,并且可以根据标准政策进行管理,但是重要的是父母必须被告知报告中这些发现的明确信息(例如,需要制定一项规则,发现了某发育障碍基因但并未观察到相关表型,这些致病变异是否会报告父母,这些信息应该在父母亲做知情同意时告知)。这些实际操作中涉及的伦理问题在PAGE研究中得到了阐述,并强了调伦理支持、卫生专业人员培训和临床实施指南的重要性。

 

随着产前WES应用越来越广泛,将产生的临床和基因数据纳入数据库并以匿名方式(例如,在DECIPHER或ClinVar中)广泛共享非常重要,这样有助于进一步提高对新的产前基因型-表型相关变异的识别和注释。这样的数据库应该拓展至国际范围内,以实现数据的迅速积累。生物信息的发展也有助于对来源于不同中心的变异进行更好地分析和解释。

 

综上所述,我们报告了迄今为止最大规模的WES应用于广泛胎儿结构异常的研究。虽然我们发现诊断性遗传变异的胎儿比例低于病例数较小,针对特定群体的回顾性研究,但是我们发现,在结构异常的胎儿亚组中,CMA分析后进行WES可显著增加胎儿病例中发育障碍基因相关遗传变异的诊断,可改善预后,并为当前和后续妊娠(如复发风险)提供参考信息。毋庸置疑WES检测将越来越多地应用于胎儿结构异常分析,但是PAGE研究显示,最好是针对那些最有可能有诊断结果的人群(避免WES诊断率较低以及VUSs导致临床管理困难)。虽然理论上,WGS可能替代CMA与WES联合检测方案(额外提供非编码区变异),但还是希望在有明确证据表明WGS优于WES之前(例如,如果非编码变异被证明是胎儿结构异常的重要原因),仍然使用CMA和WES。最后,我们强调针对大型的、精心设计的临床研究和基因组数据集进行分享的重要性,以应对WES和WGS纳入产前诊断的挑战。

 
 
参考文献:

[1] https://www.pageuk.org 

[2] Drury S, Williams H, Lench N, et al. Exome sequencing for prenatal diagnosis of fetuses with sonographic abnormalities. Prenat Diagn. 2015 Oct;35(10):1010-7. 

[3] Carss KJ, Hillman SC, Hurles ME, et al. Exome sequencing improves genetic diagnosis of structural fetal abnormalities revealed by ultrasound. Hum Mol Genet. 2014 Jun 15;23(12):3269-77. 

[4] Lord J, McMullan DJ, Eberhardt RY, et al. Prenatal Assessment of Genomes and Exomes Consortium. Prenatal exome sequencing analysis in fetal structural anomalies detected by ultrasonography (PAGE): acohort study. Lancet. 2019 Feb 23;393(10173):747-757.